El Fideicomiso Puente Colorado, tiene como fin administrar e invertir los recursos provenientes de las cuotas de peaje que se cobren en el Puente concesionado al Gobierno del Estado de Sonora, los cuales se destinarán en primer lugar a la operación, explotación, conservación y mantenimiento del mismo y en segundo lugar en beneficio de los municipios de San Luis Río Colorado, Plutarco Elías Calles y Puerto Peñasco, para satisfacer en parte los objetivos, estrategias y prioridades regionales que previene la Ley y el Reglamento de Obras Públicas del Estado de Sonora.
Entre los principales problemas que se presentan en su operación, se encuentra el no tener un sistema adecuado de peaje y telepeaje, así como instalaciones adecuadas que permitan el flujo de vehículos, con la finalidad de evitar aglomeraciones y molestia de parte de los usuarios.